计算机模拟扰动（in silico perturbation）
别名: in silico deletion · ISP
在训练好的模型中以计算方式预测基因扰动的效应，例如 Geneformer 的 in silico 删除；Nature Protocols 文章介绍了以此发现候选治疗靶点，ISP3 将其扩展到序贯多基因扰动。 VC0009 VC0010 VC0038 · 预印本
待审阅 版本 0.1.0 · 状态：初稿 · 最近专家审阅：尚未审阅
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| 主语 | 关系 | 宾语 | 置信度 | 证据（角色） |
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| Geneformer | 相关 | 计算机模拟扰动 | 高 | VC0009 支持 VC0010 支持 VC0038 · 预印本 支持 来源: AI 虚拟细胞模型 · 实体记录 |
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- VC0038 · 预印本 ISP 3 Platform powered by Geneformer: Framework for Cross-Species, Sequential, and Multi-Gene In Silico Perturbation Screens with Application to iPS Cell State Transitions — Sanaki Y, Shigenobu S, Niwa R., bioRxiv, 2026
- VC0010 Discovery of candidate therapeutic targets with Geneformer. — Zhang Y, Venkatesh MS, Theodoris CV., Nature protocols, 2026
- VC0009 Transfer learning enables predictions in network biology. — Theodoris CV, Xiao L, Chopra A, Chaffin MD, Al Sayed ZR, Hill MC, Mantineo H, Brydon EM, Zeng Z, Liu XS, Ellinor PT., Nature, 2023
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