共 28 条，按时间倒序。
Metzner E, Guruvayurappan K, Southard KM, Ardy RC, Dey KK, Norman TM. · bioRxiv · 2026-10-12
Norman/Dey 实验室（MSKCC）：在 RPE-1 中对 119 个 TF 做 CRISPRa Multiome Perturb-seq、对 1,225 个 TF 对做双向导 Perturb-seq；染色质预激活可预测新兴状态；Mosaic（Transformer）预测 TF 对相互作用残差（r=0.484），并提名经实验验证的三 TF 组合。
Sanaki Y, Shigenobu S, Niwa R. · bioRxiv · 2026-09-24
ISP3平台：基于Geneformer的多基因序贯模拟扰动。
Yu et al. · bioRxiv · 2026-08-12
PerturbLDM：在Tahoe-100M上预训练的条件潜扩散模型，生成药物/剂量/细胞系扰动的单细胞响应。
Denvis O. · Research Square · 2026-07-22
虚拟细胞模型实证比较：与基线差距依旧。
Mayfield JD. · bioRxiv · 2026-04-23
蛋白质组校准的GBM星形细胞机制性数字孪生（预印本）。
Vollenweider M, Bühlmann P. · bioRxiv · 2026-04-22
虚拟细胞扰动模型评估原则：信号、上界与基线。
Cheng et al. · bioRxiv · 2026-04-14
VCHarness：用自主AI编程智能体搜索并迭代扰动响应架构，加速虚拟细胞组件构建。
Wang C et al. · bioRxiv · 2026-03-20
Xaira的X-Cell：49亿参数扩散模型，显示扰动预测的缩放规律。
Li et al. · bioRxiv · 2026-03-16
AetherCell统一临床RNA-seq与扰动实验流形，做生成式响应预测并支持体内药物重定位。
Chuai et al. · bioRxiv · 2026-03-05
AlphaCell：全基因组虚拟细胞世界模型，用最优传输条件流匹配做跨语境扰动动力学。
Swinderman JT et al. · bioRxiv · 2026-02-05
探针法可扩展单细胞测序用于虚拟细胞扰动图谱。
Zhang Y, Su Y, Wefers Z, Su S, Li H, Li T, Wang C, Burgess J, Lozano A, Zhou L, Ding D, Nirschl J, Lundberg E, Yeung-Levy S. · bioRxiv · 2026-01-20
CellFluxV2：面向虚拟细胞的图像生成基础模型。
Kalfon J, Peyré G, Cantini L. · bioRxiv · 2025-12-15
scPRINT-2：新一代细胞基础模型与基准。
Hasanaj E, Cole E, Mohammadi S, Addagudi S, Zhang X, Song L, Xing EP. · bioRxiv · 2025-06-28
多模态基础模型表示的扰动预测基准。
Adduri AK et al. · bioRxiv · 2025-06-27
State模型预印本。
Recursion / Valence Labs · arXiv · 2025-05-20
Recursion观点：虚拟细胞应能预测、解释、发现。
Kint S et al. · bioRxiv · 2025-05-14
空间表观生态位决定GBM状态可塑性。
Pearce JD, Simmonds SE, Mahmoudabadi G, Krishnan L, Palla G, Istrate A, Tarashansky A, Nelson B, Valenzuela O, Li D, Quake SR, Karaletsos T. · bioRxiv · 2025-04-29
CZI的TranscriptFormer：跨12物种、1.12亿细胞的生成式模型。
Rizvi SA et al. · bioRxiv · 2025-04-17
C2S-Scale（耶鲁/谷歌）：270亿参数单细胞LLM，含虚拟药物筛选。
Khan SM et al. · bioRxiv · 2025-04-04
GBM核心到边缘的空间结构。
Sun R, Qian L, Li Y, Cheng H, Xue Z, Zhang X, Tan L, Zhan Y, Hu W, Xiao Q, Liu Z, Zhang G, Weinan E, Zhou P, Wen H, Zhu Y, Guo T. · bioRxiv · 2025-02-10
上述扰动蛋白组虚拟细胞模型预印本。
Wang C, Cui H, Zhang A, Xie R, Goodarzi H, Wang B. · bioRxiv · 2025-02-08
scGPT-spatial：面向空间转录组的持续预训练。
Ho N, Ellington CN, Hou J, Addagudi S, Mo S, Tao T, Li D, Zhuang Y, Wang H, Cheng X, Song L, Xing EP. · bioRxiv · 2024-12-03
GenBio AI的AIDO.Cell：全转录组上下文的稠密单细胞模型。
Wenteler A, Occhetta M, Branson N, Curean V, Huebner M, Dee W, Connell W, Chung SP, Hawkins-Hooker A, Ektefaie Y, Valdez Córdova CM, Gallagher-Syed A. · bioRxiv · 2024-10-03
PertEval-scFM：扰动预测基准。
Rosen Y, Roohani Y, Agrawal A, Samotorcan L, Tabula Sapiens Consortium, Quake SR, Quake SR, Leskovec J. · bioRxiv · 2023-11-29
UCE：跨物种零样本细胞嵌入模型（Leskovec/Quake）。
Wen H, Tang W, Dai X, Ding J, Jin W, Xie Y, Tang J. · bioRxiv · 2023-10-05
CellPLM：引入空间关系的细胞语言模型。
Levine D et al. · bioRxiv · 2023-09-14
Cell2Sentence：把细胞转为“句子”供大语言模型学习。
Yang F, Wang W, Wang F, Fang Y, Tang D, Huang J, Lu H, Yao J. · bioRxiv · 2021-12-07
scBERT：早期细胞注释预训练模型。